农业工程实验教学中心于建校之初形成，经过六十余年的发展，已成为学校规模最大、历史最悠久、门类最齐全、服务专业数量最多的实验教学中心。中心现依托工程、水利、电信三个二级学院，下设工程技术基础部、工程训练中心、农业机械化实验中心、农业电气化实验中心、农田水利实验中心、农村建筑环境与能源工程实验中心、大学生创新实践基地等7个部门,拥有培训与认证资质4项，2007年被评为省级实验教学示范中心。中心面向国家特色专业及黑龙江省重点专业农业机械化及其自动化、农业水利工程、农业电气化及相关专业提供实验教学平台，并面向全校开设工程技术基础与农业工程通识教育类课程，服务专业总数高达46个。在多年的教学实践过程中，中心形成了一支教学经验丰富、实验技术精湛、年龄结构合理的教师队伍，现有校内专职人员32人、兼职人员37人。同时为加强与生产实践相结合、充分利用校外教学资源，中心根据专业及课程需要专门遴选了具有丰富实践经验、掌握相关领域核心技术与发展动态的校外兼职24人，总计93人。校内专兼职人员中：中国工程院院士1人，国务院学位委员会学科评议组成员1人，农业部产业体系岗位科学家2人，享受国务院政府特殊津贴人员1人，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1人，科技部“中青年科技创新领军人才”1人，博士生导师17人，省级教学名师1人。

学校高度重视农业工程实验教学示范中心的建设，近五年来，累计投入仪器设备经费2707.2万元，新增仪器设备1208台套，至2015年6月，仪器设备总值合计6594.1万元，仪器设备5290台（套），中心现有实验室总面积11730平方米。

2015年，由国家发改委和教育部中西部高校基础能力建设工程立项，规划总面积达25000平方米的农业工程实验实训中心大楼建设工程正按计划进行，2016年底入驻，规划建设完成后中心将处于国内领先水平，部分实验室将达到国际先进水平。