学院建有三个一级学科：农业工程、机械工程和管理科学与工程，其中农业工程为省重点学科，黑龙江省优势特色学科，也是新型农业装备制造产业黑龙江省重点学科群的牵头学科。三个省重点二级学科：农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业系统工程与管理工程，其中农业机械化工程为国家重点学科。一个农业工程一级学科博士点，一个农业工程博士后流动站。拥有北方寒地现代农业装备技术黑龙江省重点实验室和黑龙江省高校重点实验室，新型农业装备制造产业学科群牵头单位，农业机械化工程省领军人才梯队“535工程”第一层次，国家现代大豆产业技术体系机械研究室和国家现代马铃薯产业技术体系机械研究室，黑龙江省高校校企共建生物质能工程技术研发中心。

工程学院学科团队情况

一级学科	二级学科	团队名称	带头人
农业工程	农业机械化工程	移栽机械化技术与装备	赵    匀
		现代旱作农业装备技术	陈海涛
		农作物收获储藏加工技术与装备	王德福
	农业生物环境与能源工程	可再生资源利用技术与装备	李文哲
		农业生物环境工程与技术	周福君
	农业系统工程与管理工程	农业系统工程	王福林
机械工程		机械设计与制造技术	孔德刚
管理科学与工程		管理理论、方法及应用	敖长林